农村电商巨大的市场前景不仅吸引了无数的创业者，众多农村电商平台纷纷涌现出来，这其中的很大问题是，电商在一二线城市有庞大的配送队伍，物流体系在大多数时候也跟得上购物节奏，但深入到三四线城市乃至农村后，因为达不到足够订单量，不但缺乏第三方快递合作伙伴，也没有专业的取件配送人员，电商的速度，质量等优势更无法体现。然而，无论从信息化基础设施、装备水平、上网人数、交易规模、利用率、等方面来看，农村电子商务都处于初级阶段，滞后于全国的电子商务发展，亦存在多方面问题亟需解决。农村电商中的仓储问题还很严峻。
（一）农村基础设施薄弱
虽然政府一直在加强全国的基础设施建设，但是相对与城市的发展，农村基础设施建设依然落后。一是农村互联网发展很不全面，特别在乡村和山区等地方的网络基础设施更是滞后，这会严重的影响着农村电子商务的发展，拉大了农村与城市的电子商务发展差距。二是农村仓储基地发展落后，商贸流通效率低下，专业人员稀缺以及管理水平的低下都严重制约全国县乡村电子商务网络渠道的发展和流通，影响农村电子商务发展。三是农村物流网络不健全，农村“重生产、轻流通”思想依然影响广泛，加上农村道路交通运输设施落后导致我国大多数物流公司的物流网络只能覆盖到县一级的地方，造成以生鲜产品为主的农村商品储运、装卸、加工、包装等环节的脱节，严重阻碍农村电子商务的发展。
（二）农村电子商务缺乏专业性
一是专业人才匮乏。一方面农村地区教育水平比较落后，很多农民缺乏电子商务相关知识，依然习惯于一手交钱一手交货的传统商业交易，对电子商务短期无法适应，造成农村本身培养专业人才不大现实；另一方面一些懂得电子商务技术和管理的人员不愿意到农村去，使得农村电子商务人才严重缺乏。二是已有的电子商务网站缺少专业性。包括网站的建设、内容、更新周期、信息传播等，缺少指导农民生产、真正适用于农民生产决策的东西，缺少对市场的分析等真正有价值的资源。
（三）农村地区商品多以未经过加工的初级农产品为主，农产品电子商务交易单笔规模小，物流费用高，单笔利润较少，难以普遍带来规模效益；二是农产品标准化程度低，适合电子商务的商品主要是标准化产品和可鉴别性产品，才能减少买方的不确定因素，而绝大多数农产品为非标准化的经验性产品，给农村电子商务发展带来了一定困难。
（四）物流体系不完善、物流成本高，尽管贫困地区的交通条件已经得到了很大改善，但交通基础设施依然是制约电商扶贫的短板，由于距离远、成本高，生鲜农产品难以及时运出去；同时，仓储配套设施不完善，缺少仓储中心，也制约了电商扶贫的开展。
